Wilayah Kecamatan Seyegan menurut Rijksblad Kasultanan Yogyakarta Nomor 11 Tahun 1916 (Rijksblaad Van Djogyakarta No.11 bestuur Mataraman, Reorganisatie Vanhet Indlandsch der regenttschappen Sleman, Bantoel en Kalasan Pranatan Ven den Rijksbestuur der van 15 Mei 1916) terbagi dalam wilayah Onderdistrik Seyegan yang membawahi 10 kelurahan, dan wilayah Onderdistrik Watukarung yang membawahi 11 kelurahan. Kedua onderdistrik ini dipimpin oleh masing masing seorang asisten panji termasuk dalam wilayah Distrik Jumeneng, Kabupaten Sleman.

Berdasar Rijksblad Kasultanan Nomor 1/1927 Kabupaten Sleman dihilangkan, sehingga wilayah onderdistrik Seyegan menjadi bagian dari Kabupaten Yogyakarta. Pada 8 April 1945, Sri Sultan Hamengkubuwono IX kembali melakukan reorganisasi pemerintahan dengan mengeluarkan Jogjakarta Koorei No.2, yang menjadikan wilayah Kapanewon Pangreh Projo Seyegan berubah dari wilayah Kabupaten Yogyakarta kembali menjadi wilayah Kabupaten Sleman.

Kapanewon seyegan saat itu berkantor di Seyegan dan dikepalai oleh seorang Panewu (Camat), membawahi 15 kelurahan yakni, Kelurahan Watukarung, Gentan, Gerjen, Susukan, Planggok, Bokong, Ngino, Pete, Sompokan, Jomblangan, Cibuk, Barak, Klangkapan, Kadipiro, dan Kandangan. Melalui Maklumat Kasultanan Yogyakarta No.5 Tahun 1948, maka 15 kelurahan saling bergabung menjadi 5 kelurahan definitif sampai saat ini, yaitu Margoluwih, Margodadi, Margokaton, Margomulyo dan Margoagung.